Doada a 18 de Agosto de 1200 pelo rei D. Sancho I, ao mosteiro de S. Salvador de Grijó, a localização da ermida original é desconhecida, mas a igreja actual foi erigida no séc. XVI. O Santuário encontra-se numa das zonas mais tranquilas e aprazíveis de Vagos, convidando ao recolhimento e à contemplação. A imagem de Nossa Senhora de Vagos, considerada milagrosa por muitos, é do séc. XIV, de pedra calcária originalmente policromada e mede 1,20 m.
A essa imagem estão associadas várias lendas e milagres, desde 1190, e são essas lendas que criaram o culto arreigado nos habitantes locais e em especial, nos habitantes de Cantanhede, que aqui se deslocaram ao longo dos séculos. A imagem, dizem, foi a única carga recuperada num naufrágio de costa; e curou várias pessoas que a visitaram, segunda rezam as lendas.
O Santuário que pode ver e conhecer hoje, remonta ao século XVII, mas foi totalmente renovado nos séculos XIX. Ainda hoje, a distribuição do bodo é associado às peregrinações ao santuário.